A CBD nagyon biztonságos anyag, de számos gyógyszerrel kölcsönhatásba léphet. Megfelelő dózisban a CBD inaktiválja a citokróm P450 enzimeket, ezáltal megváltoztatja a fájdalomcsillapítók, sztatinok, vérhígítók, inzulin és más gyógyszerek anyagcseréjét. A CBD és a gyógyszerek közötti kölcsönhatások veszélyesek lehetnek, de segíthetnek a mellékhatások enyhítésében, miközben szinergikusan javítják a beteg életminőségét. A kannabinoid-opioid kölcsönhatások nagy terápiás potenciállal rendelkeznek. A THC fokozza az opioidok fájdalomcsillapító hatását, míg a CBD csökkentheti az elvonási tüneteket és a függőséget. A hagyományos gyógyszereket szedő betegeknek figyelemmel kell kísérniük a vérszintek változásait, és szükség esetén módosítaniuk kell az adagot. Problémás kölcsönhatások nagyobb valószínűséggel fordulnak elő, ha valaki nagy dózisú izolált CBD-t fogyaszt.
A CBD átmenetileg inaktiválja a citokróm P450 enzimeket, ezáltal megváltoztatja számos vegyület anyagcseréjét. A CBD és más kannabinoid növények a citokróm P450, a májenzimek egy családjának aktivitását gátolva számos gyógyszerrel kölcsönhatásba léphetnek. Ezek az enzimek az általunk szedett gyógyszerek több mint 60%-jét bontják le. A CBD és a citokróm P450 közötti kölcsönhatás módja döntő fontosságú; lényegében kikapcsolják egymást. A preklinikai kutatások azt mutatják, hogy a CBD-t a citokróm P450 enzimek (CYP3A, 2C és 2B) bontják le, így ugyanezen májenzimek "kompetitív inhibitoraként" működik. Az enzimaktivitás helyét átvéve a CBD helyettesíti a kémiai versenytársakat, és megakadályozza, hogy a citokróm P450 más vegyületeket lebontson. Az, hogy a kannabidiol milyen mértékben viselkedik a citokróm P450 kompetitív inhibitoraként, attól függ, hogy a CBD milyen szorosan kötődik a lebontó enzim aktív helyéhez az oxidáció előtt és után. Ez nagymértékben változhat a beadott CBD módjától és mennyiségétől, a gyógyszert szedő beteg egyéni jellemzőitől függően. A CBD plazma felezési ideje a szervezetben 18-32 óra. Bármilyen más gyógyszerrel együtt szedhető, a klinikai vizsgálatok azt mutatják, hogy a mellékhatások ritkák, és nincs olyan gyógyszer, amelyet ne lehetne szükség esetén a kannabisz mellett alkalmazni. A THC-t a 2C9, 2C19 és 3A4 (CYP) oxidálja, ezért a szérumszintet gátlók növelhetik, illetve enziminduktorok csökkenthetik. Kevés gyógyszerkölcsönhatás-vizsgálatot végeztek. A meglévő vizsgálatok nem mutattak ki toxicitást vagy a gyógyszerhatás elvesztését, de elméletileg lehetséges. Ha valaki úgy dönt, hogy a CBD-olajat az általa szedett gyógyszer mellett használja, ajánlott, hogy a CBD-olajat ne a gyógyszerrel egy időben, hanem a gyógyszer bevétele után legalább egy órával a gyógyszer bevétele után használja.